Namun demikian, atas sebab-sebab diluar jangkaan PBNS hanya beroperasi sepenuhnya pada 1hb. Januari 2005 iaitu enam (6) tahun selepas wujudnya Enakmen Perbadanan Baitulmal 1998. Enakmen ini menyatakan antara fungsi-fungsi PBNS adalah :-
- Mengumpul dan mentadbir wang atau harta alih atau tidak alih mengikut peruntukan Enakmen Perbadanan Baitulmal dan Hukum Syarak.
- Bertanggungjawab terhadap pentadbiransegala urusan berhubung dengan harta wakaf dan nazar.
Disamping itu, 'Perbadanan' berperanan untuk membelanjakan atau menggunakan wang dan harta yang diperolehi bagi memajukan, menggalakkan, memudahkan dan menyelenggarakan pembangunan ekonomi, sosial dan kebajikan orang-orang Islam di dalam Negeri Sabah mengikut Hukum Syarak.
