Logo ini dibentuk berasaskan perkataan BAITULMAL yang menjadi dasar pembentukan Perbadanan ini.

Huruf 'ba' yang dibentuk menjadi logo yang unik dan dinamik, adalah mencerminkan peranan ekonomi umat Islam di Negeri Sabah sejajar dengan program-program ekonomi kerajaan kepada masyarakat Bumiputera Islam di Sabah.

Biru tua melambangkan perpaduan dan kerjasama yang jitu antara Perbadanan dengan Kerajaan Negeri dan Kerajaan Persekutuan.

Perkataan PBNS adalah singkatan PERBADANAN BAITULMAL NEGERI SABAH yang melambangkan kemegahan ekonomi Islam khususnya di Negeri Sabah dan Malaysia amnya.

Perkataan PERBADANAN BAITULMAL NEGERI SABAH ini dalm tulisan jawi mencerminkan ianya sebuah institusi kewangan berteraskan Islam yang meningkatkan lagi imej PBNS ke arah globalisasi.